第１節 むかし「脚気」という病気があった！
   ０．はじめに
   １．新しい時代の幕開けと脚気
   ２．高木兼寛の兵食改善による脚気撲滅作戦 
   ３．麦飯による脚気絶滅作戦と陸軍軍医本部・東大医学部の対応
   ４．内務省技師北里柴三郎と帝国大学教授三浦守治
 第２節 頑迷なる「秀才」が天下を取ったとき
   １．日清戦争とエイクマンによる鶏の白米病の発見
   ２．非麦飯派の闘将・森林太郎の反撃
   ３．日露戦争と大量の脚気死亡者
   ４．森陸軍医務局長の誕生と臨時脚気病調査会の設置
   ５．日本における脚気の部分的栄養欠乏説の成立
 第３節 医学者と文学者のはざまで
   １．ヴィタミンＢ１欠乏説の確立
   ２．晩年の森鴎外
   ３．科学史における啓蒙説話

第２章 近代日本の科学技術体制
 第１節 西洋の近代科学および技術の全面的導入
  ０．はじめに
  １．黒船の衝撃
  ２．密航して学んだ幕末の留学生たち
  ３．科学の制度化にむけて
 第２節 近代日本における科学の制度化
  １．第一次世界大戦後の科学の制度化と技術官僚
  ２．科学者たちの自由な楽園
  ３．科学動員への始動
  ４．思想弾圧と侵略戦争への道
 第３節 国家総動員法と戦争のための科学・技術動員
  １．ファシズム型総力戦体制へ向けて
  ２．科学動員と新体制運動
  ３．科学動員の終局と敗戦
 第４節 日本の敗戦と日本学術会議の発足
  １．日本の敗戦と科学者たちの対応
  ２．科学者の戦争責任と日本学術会議の発足
  ３．朝鮮戦争と日本の科学技術をめぐる状況

第３章 二つの科学革命
 第１節 十七世紀科学革命から死せる学問へ
  １．『プリンキピア』への道
  ２．ガリレイ事件と学問の自由
  ３．ニュートンの力学対デカルト哲学
  ４．１８世紀と１９世紀の科学
  ５．光の本性とエーテル問題
  ６．アインシュタインの逆転の発想と相対論の誕生
 第２節 二十世紀科学革命と量子論の誕生
  １．古典物理学の真価が問われる問題
  ２．プランクの絶望的な行為
  ３．アインシュタインの光量子論と魔女たちの宴会
  ４．私は物理をやめなくてはならない
  ５．若造たちの物理学
 第３節 科学革命と科学論
  １．科学論の系譜
  ２．科学哲学をめぐって
  ３．科学の客観性
  ４．啓蒙主義的科学史批判について

第４章 十七世紀科学革命に百年以上遅れた化学革命
 第１節 近代化学以前の化学
  １．アリストテレスの自然学とガリレイの機械論的哲学
  ２．放浪の医化学者パラケルススから近代化学の祖ボイルへ
  ３．ニュートンは最後の魔術師？
 第２節 近代化学の立役者ラヴォアジェの登場 
  １．スコットランド学派の形成
  ２．忘れられたロシア自然科学の始祖ロモノーソフ
  ３．燃焼理論の確立と酸素の発見
  ４．ラヴォアジェの頭
 第３節 化学革命による近代化学の誕生 
  １．気体研究の成果
  ２．原子論の復活と化学革命
  ３．原子論の闘将ボルツマンの死

第５章 学問の自由と科学者の闘い
 第１節 ガリレイ弾圧にみる科学と宗教
  １．地動説の発表とその影響
  ２．ガリレイの宗教裁判
 第２節 ナチズムによる人種差別と科学者の弾圧
  １．アインシュタインの亡命
  ２．レーナルト、シュタルクのアーリア物理学
  ３．シュレーディンガー、ラウエの抵抗
 第３節 現代日本における科学者弾圧
  １．私立大学における学問の自由と公共性
  ２．私立大学における不当弾圧事件
  ３．大学教員の就労請求権と建学の精神
  ４．大学の現状と今後の課題

第６章 科学と社会
 第1節 イギリスにおける魔術と科学
  １．ヘルメス主義とルネサンス魔術
  ２．エリザベス朝の魔術師ディーとケンブリッジ・プラトン主義の伝統
  ３．ニュートンの錬金術とその結果 
  ４．ヴィクリア時代のオカルト流行と科学者たち
 第２節 科学雑誌の変遷と社会
 第３節 制度化されない大学と知識人
  １．戦前の自由大学運動
  ２．木崎争議と無産農民学校